¿Cómo se pueden manipular las salidas de variantes con el complemento Android Gradle 3.0.0+?

La última versión (3.0.0) del complemento de Android para Gradle ha roto su API para manipular salidas variantes . Esta API se utilizó para manipular archivos que creaban durante las compilaciones (como AndroidManifest.xml) y se ha eliminado para mejorar los tiempos de configuración.

¿Qué nuevas API están disponibles para manipular salidas variantes y cómo se diferencian de las API 2.X?

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