Problema con GCM. Manifiesto malformado como resultado de mayúsculas en el nombre del paquete

Tengo un problema cuando intento agregar GCM en mi aplicación, cuando el nombre del paquete comienza con letra mayúscula.

El problema está en el código:

<permission android:name="Myapplication.com.permission.C2D_MESSAGE" android:protectionLevel="signature" /> 

Cuando intenta instalarlo en el emulador la salida es:

 install_parse_failed_manifest_malformed 

Si está iniciando una nueva aplicación, puede solucionarla cambiando el nombre del paquete de "Myapplication.com" a "myapplication.com" (letras pequeñas), pero si está actualizando una aplicación ya existente, no puede hacerlo, ya que Google Play No admite el cambio del nombre del paquete al actualizar.

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