¿Cómo crear JavaDoc usando Android Studio sin R y BuildConfig?

La respuesta de RocketSpock está casi ahí, pero no del todo (como de este escrito). No puedo comentar todavía, así que describiré el proceso que usé para excluir R.java y BuildConfig.java de BuildConfig.java de mi biblioteca de Android en Android Studio 1.2.2. Hay básicamente un diálogo adicional que vendrá en muy práctico:

1. Abra la opción del menú Tools --> Javadoc .

2. Seleccione Custom scope . No es necesario seleccionar nada en el menú desplegable.

3. Haga clic en el icono ... para abrir el cuadro de diálogo Scopes .
4. Añada un nuevo ámbito personalizado con el icono verde + . Déle un nombre descriptivo si usted desea.
5. En las Production Classes (no en las Library Classes , ya que son importaciones), vaya al módulo o módulos para los que desea generar Javadoc y seleccione los archivos Java que desee incluir. En su caso, probablemente desee seleccionar un módulo completo pero excluir manualmente R.java y BuildConfig.java . Cuando haya terminado, haga OK en OK para salir del cuadro de diálogo Ámbitos.
6. En el cuadro de diálogo Specify Generate JavaDoc scope , si su nuevo ámbito no está seleccionado en el menú desplegable Custom scope , selecciónelo ahora, así como cualquier otra opción adicional, incluyendo el directorio de resultados.
7. Finalmente, haga OK en OK para generar su Javadoc.

La respuesta aceptada es bastante compleja y tengo una mejor.

1. Abra la opción del menú Herramientas -> Javadoc.
2. Seleccione Alcance personalizado. A continuación, seleccione Project Files
3. Haga clic en OK .

Después de éstos verá que los archivos R y BuildConfig están excluidos.

Si desea excluir los archivos generados (R, BuildConfig, etc.), puede especificar un ámbito personalizado para la generación de JavaDoc. Para que esto funcione correctamente, necesitará:

1. En la vista Proyecto de la izquierda, seleccione el directorio de origen raíz para generar los documentos para (por ejemplo, "com" u "org")
2. Abra el cuadro de diálogo de generación de JavaDoc (Herramientas -> Generar JavaDoc …)
3. Seleccione "Alcance personalizado" (es el 5º botón de radio en mi versión) y seleccione su módulo (por ejemplo, "Biblioteca de módulos")
4. Seleccione sus otras propiedades tales como directorio de resultados, visibilidad del método, etc. y haga clic en "Aceptar"

Eso es. Los JavaDocs deben generarse sin los archivos R o BuildConfig incluidos.