Mejores prácticas para variantes de construcción con sabor con gradle en android studio

Tengo una aplicación que se produce para diferentes marcas. Ahora tengo dos sabores, brand1 y brand2. La diferencia entre brand1 y brand2 son sólo los archivos de recursos.

Primero asumí que podía establecer todos los datos compartidos en mi ruta principal y las diferencias en el camino con sabor. Pero en este escenario mi compilación falló, porque faltan recursos en mi ruta principal.

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Me gustaría seguir así: establecer todas las diferencias de recursos entre las marcas en la ruta principal como datos ficticios. La fusión hará el resto para mí.

En iOS puedo establecer una ruta de compilación para cada meta de compilación. ¿Es algo así posible con sabores? ¿O cuál es la mejor práctica en esta situación?

[EDIT 2013 08 07]

El problema en mi caso fue que creé la aplicación en eclipse y la exportaba a android studio. Aquí se describe con mayor precisión el problema y la solución.